স্যার প্রফুল্ল চন্দ্র রায়ের বাড়ি খুলনা জেলার পাইকগাছা উপজেলায় অবস্থিত বাংলাদেশের অন্যতম একটি প্রত্নতাত্ত্বিক স্থাপনা। এটি উপজেলার বাড়ুলী গ্রামে অবস্থিত। ২রা আগস্ট ১৮৬১ সালে বাংলাদেশী বিজ্ঞানী ও রসায়নবিদ আচার্য প্রফুল্ল চন্দ্র রায় এ বাড়িতেই জন্মগ্রহণ করেন পরিত্যক্ত হওয়ার পর বাড়িটি বেশ কয়েকবার দখল হওয়ার পর বাংলাদেশ প্রত্নতত্ত্ব অধিদপ্তর এটিকে সংরক্ষিত পুরাকীর্তি হিসেবে ঘোষণা করে। এরপর থেকে বিজ্ঞানীর জন্ম ও মৃত্যুদিবসে এখানে সরকারি পৃষ্ঠপোষকতায় অনুষ্ঠান পালন করা হয়। বাড়িটির অবস্থান কপোতাক্ষ নদেরে তীরে।

কবি কৃষ্ণ চন্দ্র ইনস্টিটিউট বাংলাদেশের খুলনা জেলার দিঘলিয়ার সেনহাটি গ্রামে অবস্থিত বাংলা মংগল কাব্যের অমর কবি কৃষ্ণচন্দ্র মজুমদারের স্মৃতির উদ্দেশ্যে নির্মিত প্রতিষ্ঠান। ১৯১৪ সালে প্রতিষ্ঠানটি নির্মান করা হয়। খুলনা জেলার দিঘলিয়া উপজেলার সেনহাটি গ্রামে অবস্থিত।

দেশের কয়েকটি বিখ্যাত মন্দিরের মধ্যে একটি খুলনার জোড়া শিবমন্দির। এই মন্দিরের খ্যাতি রয়েছে দেশ ও দেশের বাইরে। তবে প্রাচীন এই মন্দির লাগোয়া জোড়া বটগাছ নিয়ে লুকিয়ে আছে গল্পের ডালপালা। প্রায় তিনশ’ একুশ বছরের পুরনো এ জোড়া শিবমন্দির। শিল্পনগরী খুলনা জেলার ৭৪টি প্রত্নস্থলের মধ্যে একটি হলো এ জোড়া শিবমন্দির। এই মন্দির শহরের প্রাণকেন্দ্রে অবস্থিত।

খান জাহানের সমাধি বাগেরহাট জেলার অবস্থিত কথিত ঠাকুর দিঘি’র পাড়ের উপর অবস্থিত একটি কৃত্রিম উঁচু ঢিবি। এটি বর্তমানে খান জাহান সমাধিসৌধ কমপ্লেক্স নামেও পরিচিত । এ কমপ্লেক্স এর মধ্যে আছে খান জাহান আলীর বর্গাকার সমাধিসৌধ, রয়েছে খান জাহান আলীর ‘দেওয়ান’ মুহম্মদ তাহির এর সমাধি, এক গম্বুজবিশিষ্ট মসজিদ এবং তথাকথিত কল্পিত রান্নাঘর । খান জাহান আলী ও তার দেওয়ান এর সমাধিসৌধ-এর স্থানটি একটি দেয়াল দ্বারা বেষ্টিত।

খানজাহান (র) মাজার সংলগ্ন প্রায় ৬১.৭৫ একর জমি জুড়ে ‘খাঞ্জেলি দীঘি’ অবস্থিত। হিন্দু ভক্তরা একে বলে ঠাকুর দীঘি। ইট ও ইটের গুড়ি জমিয়ে দিয়ে নির্মিত দীঘির চারপাশে চারটি বাঁধানো ঘাট ছিল তার তিনটি ধ্বংসাবশেষ আজও রয়েছে।

নয় গম্বুজ মসজিদ(Noy Gumbaj Mosjid) বাগেরহাটে অবস্থিত জীন্দাপীর মসজিদের দক্ষিণদিকে এবং ঠাকুরদীঘির পশ্চিম পাড়ে অবস্থিত। নয় গম্বুজ মসজিদ ১৫ শতাব্দীতে নির্মিত হয়েছিল। এটি ঠাকুর দিঘি নামে পরিচিত একটি দিঘীর পশ্চিম দিকে অবস্থিত।

দশ গম্বুজ মসজিদ খুলনা জেলার ফুলতলা উপজেলায় অবস্থিত একটি প্রাচীন মসজিদ ও সংরক্ষিত প্রত্নস্থল। এটি খান জাহান আমলের মসজিদ বলে মনে করা হয়। মসজিদটি উপজেলার পায়গ্রাম-কসবা নামক গ্রামে অবস্থিত।

জিন্দাপীরের সমাধি কমপ্লেক্স বাগের হাটের খান জাহানের সমাধির পশ্চিমে অর্ধকিলোমিটারেরও কম দূরত্বে অবস্থিত। সম্ভবত জিন্দাপীরের প্রকৃত নাম ছিল আহমদ আলী। উত্তর দিকের দেওয়ালে তিনটি প্রবেশপথসহ ৩৩.২২ বর্গমিটার বহিঃদেওয়াল দ্বারা পরিবেষ্টিত কমপ্লেক্সে রয়েছে দরবেশের নিজের একগম্বুজ বিশিষ্ট একটি সমাধি, একগম্বুজ বিশিষ্ট একটি মসজিদ এবং জিন্দাপীরের পরিবারবর্গের অনেকগুলি ইটের তৈরি কবর।

ষাটগুম্বুজ মসজিদ থেকে প্রায় এক কিলোমিটার উত্তর-পশ্চিমে বাগেরহাট সদর উপজেলার ষাটগুম্বুজ ইউনিয়নের চুনোখোলা গ্রামে এ মসজিদটির অবস্থান। ১৯৭৫ সালে বাংলাদেশ সরকার চুনাখোলা মসজিদকে ঐতিহাসিক পুরাকীর্তি হিসাবে ঘোষণা করে এবং প্রত্নতত্ত্ব অধিদপ্তরের আওতায় সংরক্ষণের উদ্যোগ নেয়।

রণবিজয়পুর মসজিদ বাগেরহাটের নিকটবর্তী রণবিজয়পুর গ্রামে অবস্থিত। বাগেরহাট-ষাটগম্বুজ সড়কে এর অবস্থান। এটি ফকিরবাড়ি মসজিদ নামেও পরিচিত। মসজিদটি বাংলাদেশের সবচেয়ে সংরক্ষিত একটি মসজিদ এবং স্থাপত্য শৈলীর বিচারে এটি খানজাহানের (১৪৫৯ খ্রিস্টাব্দ) সময়ে নির্মিত বলে মনে করা হয়।

ষাটগম্বুজ মসজিদের দক্ষিণ-পূর্ব কোনে মধ্যযুগীয় এই মসজিদটি অবসিহত। এটি একগম্বুজ বিশিষ্ট একটি মসজিদ। মসজিদের (বাইরের দিকের ১১.৮৮ মিঃ ঢ১১.৮৮মিঃ) পলেসত্মরা বিহীন দেয়ালগুলো গড়ে ২.১০মিঃ পুরম্ন।

বিবি বেগনী মসজিদ বাগেরহাট জেলার ষাট গম্বুজ মসজিদ থেকে আনুমানিক ৮০০ মিটার পশ্চিমে ঘোড়াদিঘীর পাড়ে অবস্থিত এক গম্বুজবিশিষ্ট একটি প্রাচীন মসজিদ। বাংলাদেশের প্রত্নতত্ব অধিদপ্তর কতৃক মসজিদটির ব্যাপক সংস্কারসহ মসজিদের মূল পরিকল্পনার আদলে পূনঃনির্মিত হয়েছে।