খুলনা শিপইয়ার্ড লিমিটেড বাংলাদেশের খুলনা শহরের উপকন্ঠে অবস্থিত একটি জাহাজ নির্মাণ এবং মেরামত প্রতিষ্ঠান যা বাংলাদেশ প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয় এবং বাংলাদেশ নৌবাহিনীর তত্ত্বাবধানে পরিচালিত হয়। এটি জার্মান সহায়তায় ১৯৫৭ সালে প্রতিষ্ঠিত হয় ।
১৯৪৭ সালের ভারত ভাগের পর পাকিস্তান ডেভেলপমেন্ট করপোরেশন (পিআইডিসি) খুলনায় একটি শিপইয়ার্ড নির্মাণের উদ্যোগ নেয়। এর জন্য তারা জন্য পশ্চিম জার্মানির মেসার্স স্টাকেন শনকে নিযুক্ত করে। ১৯৫৪ সালে নির্মাণকাজ শুরুর পর খুলনা শিপইয়ার্ড ১৯৫৭ সালের ২৩ নভেম্বর থেকে উৎপাদনে যায়। সে সময়কার রূপসা নদীর প্রাকৃতিক সীমাবদ্ধতা ও গভীরতাকে বিবেচনায় রেখে সর্বোচ্চ ৭০০ টন (আড়াই হাজার টন) হালকা ওজনের কার্গো ধারণসম্পন্ন জাহাজ নির্মাণ ও মেরামতের সুযোগ-সুবিধা রেখে এটি নির্মিত হয়।
উৎপাদনের শুরুর পর থেকে ১৯৫৯ সাল পর্যন্ত নির্মাণকারী প্রতিষ্ঠান ব্যবস্থাপনার দায়িত্ব পালন করে। পরে ১৯৬৫ সাল পর্যন্ত জার্মান এবং ব্রিটিশ ব্যবস্থাপনায় কার্যক্রম পরিচালিত হয়। ১৯৬৫ সালে ইস্ট পাকিস্তান ইন্ডাস্ট্রিয়াল ডেভেলপমেন্ট করপোরেশন (ইপিআইডিসি) এটি পরিচালনার দায়িত্ব নেয়।
বাংলাদেশ স্বাধীনতা লাভ করার পর বাংলাদেশ স্টিল অ্যান্ড ইঞ্জিনিয়ারিং করপোরেশন (বিএসইসি) এটি পরিচালনার দায়িত্ব পায়। প্রথম দিকে সফলভাবে পরিচালিত হলেও ৮০'র দশকের মাঝামাঝি সময় থেকে প্রতিষ্ঠানটি লোকশানে পড়তে থাকে। ৯০'র দশকে এসে এটি লোকসানের ভারে বন্ধ হওয়ার আশঙ্কায় পড়ে ও দেনার পরিমান ৯৩ কোটি ৩৭ লাখ টাকায় পৌছে। সেই সময়ে সরকার প্রতিষ্ঠানটিকে রুগ্ণ শিল্পপ্রতিষ্ঠান হিসেবে চিহ্নিত করে। পরে ১৯৯৯ সালের ৩ অক্টোবর বাংলাদেশ নৌবাহিনীকে প্রতিষ্ঠানটির দায়িত্ব দেওয়া হয়।[২]
২০১৭-১৮ অর্থবছরে খুলনা শিপইয়ার্ড লিমিটেড ছোট বড় জাহাজ নির্মাণ ও মেরামতসহ বিভিন্ন খাতে প্রায় ১৬৫ কোটি টাকা আয় করে ।